ARTIKKELI

MIKROBIT TEOLLISELLA AIKAKAUDELLA – katsaus mikrobien luonnollisuutta koskeviin käsityksiin 1800-luvulta nykypäivään

Tuomas Pylkkö

Kulkutautien hävittäminen on epäilemättä tieteellis-teknisen maailmankuvan suurimpia saavutuksia. Mutta yhteydet, jotka vallitsevat luonnon teknisen muokkaamisen ja ihmiskunnan hyvinvoinnin välillä ovat monitahoiset ja ehkä osittain hämärät. Moni hyvinvointia edistävä saavutus on kytköksissä teollistumiseen ja modernisaatioon, joka on tapahtunut suhteellisen lyhyen, noin 150 vuoden aikana. Eräs teollista aikakautta määrittelevä tekijä on jatkuva energiantuotannon kasvu. Kun ihmiskunnalla on ollut enemmän energiaa käytössä, luonnon manipuloiminen on mahdollistettu sellaiselle tasolle, että termiä ’antroposeeni’ on ehdotettu sen kuvaamiseksi. Käsitteellä halutaan kuvastaa sitä, että käsillä on ensimmäinen geologinen aikakausi, jolloin ihmiskunnan vaikutus ympäristöön näkyy selvästi. Tänä aikana esimerkiksi villi luonto on lähestulkoon ajettu pois, vain muutama prosentti maailmassa elävistä suurista nisäkkäistä on enää villejä, loput ovat joko ihmisiä tai tuotantoeläimiä.1 Ja vaikka ihmiset itse asuvat yhä suuremmassa määrin kaupungeissa, varsin merkittävät pinta-alat kaupunkien ulkopuolella on käytetty ruoan tuotannon ja muun teollisen toiminnan tarpeisiin.2 Tällaisen antroposeeniksi nimetyn aikakauden alkamisajankohdaksi lasketaan yleensä joko höyrytekniikan käyttöönotto 1700-luvun alkupuolella tai toisen maailmansodan aikaisen fossiilikapitalismin synty.3

Energiatuotannon tutkimisessa on keskusteltu siitä, miten ylijäämäenergian vaikutus pysyy ikään kuin piilossa, vaikka se lisää mahdollisuuksia tehdä mitä erinäisimpiä asioita. Jatkuvasti kasvavan käytettävissä olevan energian vaikutus on hämärtynyt ja sen mahdollistaman edullisen fyysisen työn olemassaolosta on tullut huomaamattomasti ”normaali tila”. Edullisen energian aikaansaama työ tuo asioita lähelle mutta samalla etäännyttää niistä. Antti Salminen ja Tere Vadén ovat kuvanneet ilmiöitä käsitteellä con-distancing.4 Tämä näkyy muun muassa siinä, että luontoon suhtaudutaan kenties yhä enemmän esineellisenä ympäristönä ja resursseina laskelmoivalle ihmiselle kuin jonakin mystisenä kokonaisuutena.5 Myös selviytymiseen liittyvien taitojen tuntemus ja osaaminen ovat laskeneet merkittävästi,6 mutta toisaalta ympäristön tieteellinen tutkimus ja ympäristöpolitiikka ovat syntyneet tieteenaloina. Nähdäkseni kyseinen ilmiö on myös keskustelemieni teemojen taustalla, sillä mikrobiologia ja mikrobilääkekehitys ovat syntyneet fossiilienergian kehityksen ansiosta. Samalla mikroskooppisen pienet eliöt on tuotu osaksi jokapäiväistä elämäämme, mutta olemme myös etääntyneet niiden suorasta vaikutuksesta. Emme helposti käsitä, että esimerkiksi laboratorioissa toteutettu mikrobien hillintä mahdollistaa suurten tuotantoeläinten kasvattamisen ja edullisen liharuuan; toisin sanoen elintarviketuotanto ei ole enää kokemuksellisesti lähellä olevaa käsityötä. Emme ole enää kokemuksellisesti myöskään niin suorassa kosketuksessa sairauteen ja kuolemaan, vaikka niiden mekanismit tunnetaan paremmin. Parhaillaan leviävä koronaviruspandemia on tässä suhteessa poikkeava asiantila, joka palauttaa tartuntatautien riskin teollisuusmaidenkin arkeen.

Kuvitus: Josefina Sipinen

Kuvitus: Josefina Sipinen

Niin sanotussa antroposeenissä suuria muutoksia on kohdistunut myös mikrobeihin ja niiden elinympäristöihin sellaisissa enimmäkseen villeissä paikoissa kuten valtamerissä, 7 mutta tässä tekstissä keskityn enimmäkseen terveydenhuoltoon ja elintarviketuotantoon. Käsittelen teollisen kulttuurin suhdetta mikrobeihin ja kuinka näkemys niiden luonnollisuudesta on kehittynyt. Käsitteellä ’mikrobi’ tarkoitetaan yleensä lähes kaikkialla eläviä, yksisoluisia elämänmuotoja, kuten bakteereja, homeita ja viruksia, joita tiede ei tuntenut kovin perusteellisesti ennen teollista vallankumousta. Uskoakseni nämä johdannossa esittämäni väittämät liittyvät erilaisiin tapoihin suhtautua luontoon ja sen keinotekoiseksi koettuun muokkaamiseen. Ihmisen biosfäärin aiheuttamat muutokset heijastuvat myös tietysti siinä, mitä luonnosta ajatellaan, tai miten se ilmenee kulttuurissa.

Mikrobien kemiallinen hillintäkausi

Mikrobien löytyminen on sinänsä kiinnostava tarina ja nähdäkseni se liittyy merkittävästi teollistumiseen ja teknologiaan. Koska monet ihmetystä herättävät ilmiöt on selitetty ”ihmisen kaltaisella toimijalla” kautta historian, 8 on helppo ymmärtää, miksi antiikin teoksista löytyy pohdiskeluja mahdollisista hyvin pienistä eläimistä ja niiden kyvystä aiheuttaa sairauksia. 9 Ihmismielelle on luultavasti luontevaa suhtautua ympärillä tapahtuvaan toimintaan niiden taustalla olevien ”toimijoiden” ja ”intentioiden” avulla. Toinen vastaava laajalle levinnyt selitys sairauksille on noituus ja magia. Tieteellinen mikrobiologia ja mikrobilääkekehitys saavat alkunsa kuitenkin vasta muutama vuosikymmen öljyn energiankäyttöön valjastamisen jälkeen, 1800-luvun loppupuolella. Näin tapahtuu siitäkin huolimatta, että mekaaninen käsitys luonnosta, eliöiden systemaattinen luokittelu ja luonnontieteellis-matemaattinen ajattelu olivat syntyneet viimeistään 1600-luvulla. Mikrobeista oli tosin tällöin jo olemassa havaintoja, sillä Antonie van Leeuwenhoek ja John Hooke tekivät ensimmäiset havainnot mikrobeista mikroskoopeilla 1600-luvulla. Lisäksi tarttuvia tauteja vastaan osattiin rokottaa jo viimeistään 1700-luvulla, koska tiedettiin, että lehmärokkoon sairastuneet lypsäjät olivat immuuneja paljon vakavammalle isorokolle ja että sairaan lehmän eritteitä voitiin käyttää rokottamiseen. 10 Tieteellis-teknistä käsitystä sairauden aiheuttajista ei kuitenkaan vieläkään ollut olemassa.

Soluteorian katsotaan yleensä muodostuneen noin 1830-luvulla, jolloin muun muassa Matthias Jakob Schleiden julkaisi näkemyksiään kasvien solujen rakenteellisista ominaisuuksista sekä teorian niiden toiminnasta. Monet mikrobiologian termit kuten ’alkueläin’ (1818) ja ’bakteeri’ (1828) otetaan käyttöön näihin aikoihin. 11 Mutta mikrobiologian voidaan ajatella syntyneen vasta vuosisadan loppupuolella; tällöin mikrobien tutkimus alistettiin samoille periaatteille kuin suurempienkin eliöiden tutkimus, esimerkiksi lajien systemaattisen vertailun alaisuuteen. Alussa tutkimus kohdistui myöskin voimakkaasti mikrobien aiheuttamien ongelmien estämiseen. Louis Pasteur, Robert Koch ja monet muut luonnontieteilijät osoittivat mikrobien pilaavan ruoan ja aiheuttavan sairauksia. Samoihin aikoihin kehitettiin myös monet mikrobien viljely- ja värjäystekniikat, joita edelleen käytetään mikrobiologian laboratorioissa, esimerkiksi bakteerien Gram-värjäys (1884) ja agar-agariin perustuva mikrobien viljely (1881). 12

Mikrobiologian ja lääkekehityksen syntyminen edellytti kolmea teknistä läpimurtoa ja niihin liittyvää modernin luontoajattelun muutosta: 1) 1870-luvulla saavutettiin tilanne, jossa höyrykoneiden tuottaman kokonaistyön määrä ylitti eläimillä ja ihmisvoimin tuotetun työn, 13 2) orgaanisen kemian ala syntyi, kun öljyn ja hiilen jalostustuotteista alettiin valmistaa muun muassa liuottimia ja 3) väriaineteollisuus syntyi hiilitervan jalostamisen sivutuotteista. Halpa, suorastaan ilmainen koneiden tekemä fyysinen työ tietysti siirsi monet ihmiset luonnonläheisistä työpaikoista, metsistä ja pelloilta muun muassa toimistoihin, lääkekehityslaboratorioihin ja väriainetehtaisiin. Toisin sanoen koneet vapauttivat ihmisresursseja lääketieteen- ja teollisuuden pariin. Jonkinlainen käsitteellinen murros puolestaan tapahtui, kun orgaanisen kemian taiturien mitä erilaisimmat tislausmenetelmät todistivat 1800-luvun loppupuolella monia luonnonaineita voitavan syntetisoida. Friedrich Wöhler syntetisoi ainoastaan luonnonaineena pidetyn urean jo vuonna 1828. 14 Orgaanista kemiaa edeltäneessä eurooppalaisessa alkemiassa 15 oli – joitakin poikkeuksia lukuun ottamatta – vallinnut ajatus, että luonto (Luoja) luo yhdisteitä maailmaan, kun alkemistit puolestaan tekevät vain sekoituksia näistä, eivätkä voi luoda yhdisteitä tai alkuaineita. 16 Tämän vuoksi Euroopassa on Joachin Schummerin mukaan edelleenkin nähtävissä vuosisatojen yli yltävä vastakkainasettelu termien ’luonnollinen’ ja ’kemiallinen’ välillä. Yhtä kaikki, August von Hofmann osoitti monet hiilitervasta eristetyt orgaaniset aineet aniliiniksi tai sen sukulaisiksi 1843, jonka jälkeen useita synteettisiä aniliiniväriaineita alettiin valmistaa. 17 Adolf von Baeyer julkaisi indigoväriaineen synteesin vuonna 1870. Hiilitervasta eristettiin myöskin fenoli vuonna 1834 ja sitä alettiin käyttää leikkaussalien ja -laitteiden sterilisoimiseen 1870-luvulla. 18

Usein keinotekoisesti tuotetut väriaineet olivat identtisiä luonnonaineista eristettyjen väriaineiden kanssa, mutta tasalaatuisempia ja edullisempia valmistaa. Oli myös mahdollista valmistaa värejä, joita luonnontuotteissa ei oikeastaan ollut. 19 Synteettiset väriaineet korvasivat kalliit ja vaikeasti lähinnä kasveista uutettavat luonnon väriaineet, mutta ne myöskin synnyttivät loisiin ja bakteereihin liittyvän lääketutkimuksen. Lääketutkimus sai alkunsa, kun väriaineiden soveltaminen laboratorioissa erilaisiin kudoksiin osoitti, että on olemassa väriaineita, jotka värjäävät vain tiettyjä mikrobeja tai kudoksien osia. Näin ollen heräsi innostus etsiä kohdistettuihin lääkehoitoihin soveltuvia kemikaaleja, esimerkiksi liittämällä tappava kemiallinen osa vain bakteereja värjäävään aineeseen, jolloin vaikutus oletettavasti kohdistuisi enimmäkseen värjättyyn osaan. Vuonna 1889 lääkäri ja tutkija Paul Ehrlich osoitti teorian toimivuuden käytännössä, kun hän onnistui hoitamaan malariaan sairastuneita potilaita metyleenisinisellä, väriaineella, joka selektiivisesti värjäsi malariaa aiheuttavat Plasodium-parasiitit laboratoriossa. 20 Tästä alkoi aikakausi, joka ulottui ainakin 1930-luvun puoleenväliin, jolloin sulfonamidi-sukuisten antibioottien kehittäjät edelleenkin etsivät bakteereja spesifisti värjäävää yhdistettä. Myöhemmin tosin huomattiin, että lääkeaine toimikin uudella vielä tuntemattomalla 21 vaikutustavalla. 22 1800-luvun lopun ja 1930-luvun välisinä vuosikymmeninä monista väriainetehtaista kehittyi suuria lääkeyrityksiä, jotka hoitivat onnistuneesti tuberkuloosia, kuppaa ja muita tartuntatauteja. Uusien lääkkeiden markkinat olivat jopa paremmat kuin kemiallisten väriaineiden. 23

Edellä esitetyn mikrobien hillintäkauden lääketieteellisen ja -teollisuuden edistyksen takaa löytyvät merkittävät tartuntatautiepidemiat. Nykyään voi helposti unohtaa miten totaalisesti tartuntataudit vaikuttivat elämään niinkin vähän aikaa kuin vain muutama sukupolvi sitten. Taudit olivat ainakin erittäin näkyvästi läsnä arjessa ja vaikuttivat jokaisen elämään. Merkittävä osa lapsista (n. 30%) kuoli ennen viiden vuoden ikää, synnytyksen yhteydessä infektiot tappoivat äitejä ja lapsia. 24 Taudeista jäi myös pysyviä ulkoisia vammoja, niin että esimerkiksi 1800-luvun lääkärin päiväkirjassa kuvataan, kuinka Itä-Suomessa on nähtävissä vähemmän isorokon runtelemia kasvoja kuin muualla Suomessa. 25 Selitys tähän lienee silloisen Itä-Suomen eristyneisyys muusta Suomesta.

Kulkutautien takia ihmisten vapaata kulkua rajoitettiin merkittävästi ja toimenpiteiden kohteeksi joutuminen jakoi ihmisiä eri kasteihin. Keskiajalla kauppalaivoja ja satamia suljettiin ruttoepäilyjen takia 40 päiväksi – mistä onkin syntynyt termi karanteeni, sanan etymologia viittaa numeroon 40. Rajoituksia asetettiin myös erityisesti köyhien ja alemman aseman ihmisten kulkemisille ja tekemisille. Sairaiden eristäminen ja väkivalloin kohteleminen jatkui vuosisatojen ajan, ja esimerkiksi Sardinia selviytyi vuosien 1835–36 koleraepidemiasta antamalla saarta valvoville sotilaille valtuudet väkivalloin estää kenenkään ulkopuolisen saapuminen saareen. 26 Todettakoon, että nyt keväällä 2020 leviävä koronavirus (SARS-CoV-2) on osoittanut, että monien näiden asioiden kohdalla tilanne ei ole muuttunut; karanteeni on edelleen tärkeä työkalu tartuntatautien hillitsemisessä, ja yhteiskunnassa alemmissa asemissa olevat, kuten laittomat maahanmuuttajat ja köyhät, ovat yliedustettuina kuolintilastoissa. Myös sotilaallista valtaa on laajennettu monissa paikoissa.

Aikaisemmin elämä oli varmasti myöskin hauraampaa siinä mielessä, että täysin terveetkään ihmiset eivät olleet turvassa tartuntataudeilta, sillä minkä tahansa avohaavan saaminen saattoi johtaa verenmyrkytykseen ja kuolemaan. Monet tutkijat ovat korostaneet niitä moralisoivia piirteitä, jotka liitettiin kulkutauteihin heti, kun laajemmin alettiin ymmärtää kuinka ne tarttuvat. 27 Jos jollakin oli tartuntatauti, sen saatettiin ajatella johtuvan hänen omasta likaisesta, alhaisesta, köyhästä ja puutteellisesta tai kenties moraalittomasta elämäntavastaan. 28 Sairastuneen ihmisen silkka olemassaolo oli riski muille, eikä asiaa auttanut se, että monet tartuntataudit ovat sukupuolitauteja. Monien uskonnollisten auktoriteettien mielestä bakteerien hallinta muutti tartuntatautien ongelmat uskonnollismoraalisista teknisiksi. 29 Mielenkiintoista on myös, että edellä mainittua Paul Ehrlichiä jopa syytettiin uskonnollisen ja seksuaalisen moraalin rappioittamisesta, kun hänen kehittämäänsä arsenikkipohjaista väriainetta käytettiin kupan hoitoon. Kirjoittaja jopa pohti, onko Luojan nyt keksittävä uusia tapoja rangaista moraalittomia, kun kupan kärsimisen kohtalo oli poistettu keinotekoisella lääkeaineella. 30

Huolia herättivät myös keinotekoisten kemikaalien mahdolliset haitat. Esimerkiksi veden puhdistamisessa suodatettiin aluksi vesi, joka aistinvaraisesti koettiin puhtaaksi. Kun tämän osoitettiin voivan kuitenkin edelleen sairastuttaa, vettä alettiin kloorata mikrobien hävittämiseksi. Kloori juomavedessä aiheutti kuitenkin myös hengitysongelmia ja klooratun veden makua pidettiin epämiellyttävänä ja epäluonnollisena. Tästä syystä veden puhdistuksessakin käytettiin aluksi klooria vain ajoittain tarvittaessa, ja vasta 1900-luvun puolella siirryttiin ennaltaehkäisevään kokoaikaiseen klooraukseen. 31

Antibioottien kultakausi ja lääkeaineresistenssi

Väriaineista kehitettyjen lääkeaineiden vaikutukset eivät olleet kovinkaan laajakirjoisia, vaan usein ne vaikuttivat vain tiettyihin eliöihin. Lisäksi ne olivat enemmän tai vähemmän myrkyllisiä, vaikkakin riittävän hyödyllisiä, että kehitystyö jatkui alalla vielä pitkään. Myöhemmin näiden yhdisteiden rinnalle kehitettiin myös tehokkaampia laajakirjoisia antibiootteja. 32 Jo antiikista asti oli käytetty homeista multaa haavoja parantamaan ja 1870-luvulta eteenpäin useampi eri tutkija oli raportoinut homeiden kyvystä estää bakteerien kasvua laboratoriossa. 33 Toisin sanoen tiedettiin, että luonnossa oli jo olemassa mikrobeita, jotka olivat kehittäneet toistensa selviytymistä estäviä aineita, antibiootteja. Penicillium-homeen kasvustoja käytettiin ulkoisesti bakteeri-infektioiden hoidossa jo 1930-luvulla, mutta tuotanto oli vielä hidasta käsityötä, eikä niitä voinut käyttää suonensisäisesti. 34 Kun liittoutuneet oppivat massatuottamaan näitä toisen maailmansodan aikana, antibioottien kehityksessä alkoi toinen aikakausi, jolloin uusia antibioottiyhdisteitä etsittiin muista luonnon materiaaleista, homeista ja bakteereista, sen sijaan että olisi pyritty luomaan niitä ainoastaan synteettisesti.

Luonnosta eristettävien antibioottien yleistyttyä multanäytteitä otettiin talteen erilaisista ympäristöistä hyödyntäen esimerkiksi armeijaa, jolla oli pääsy eksoottisiin ekosysteemeihin. Näytteitä kerättiin myös maatalouseläimistä ja ihmisistä. Näistä kaikista viljeltiin laboratoriossa mikrobeja tutkien kuinka hyvin ne kykenevät estämään patogeenien kasvua. 35 Tämä tutkimusperinne ja toimintatapa alkoi 1930-luvulla Penicillium-homeen tutkimisen laajentuessa ja jatkui muutama vuosikymmen toisen maailmansodan jälkeen. Toisen maailmansodan aikana brittiläiset lääkärit Howard Florey ja Norman Heatley veivät penisilliinin viljelytekniikan Yhdysvaltoihin, jossa yhteistyössä monien tahojen kanssa optimoitiin penisilliinin massatuotanto. 36 Edullisen ja tehokkaan penisilliinin tuotantoa on pidetty tärkeimpänä yksittäisenä keksintönä lääketieteessä 37 ja löytö tunnustettiin Nobelin palkinnolla 1945. Myöhemmin samaa viljelmätekniikkaa hyödyntäen löydettiin muitakin antibiootteja, kuten laajakirjoinen antibiootti streptomysiini, josta myöskin jaettiin Nobelin-palkinto sen pääasialliselle keksijälle, Selman Waksmanille.

Kun ymmärrys bakteereista lisääntyi, mikrobit lähestyivät arkista elämää, sillä vesien puhdistamista, viemäröintiä ja hyvää hygieniaa alettiin pitää terveyden kannalta välttämättöminä. Miasmaattinen teoria, jonka mukaan sairautta aiheutti pilaantumisessa syntyvä ”paha ilma”, enimmäkseen unohtui ja valtiot alkoivat valistaa kansalaisiaan hygieniassa ja tartuntatautien mekanismeissa. Samalla tapahtui etääntymistä mikrobeista siinä mielessä, että monista melko arkisista ja luonnollisista asioista, kuten vaikkapa ruoantuotannosta ja synnytyksestä, oli tullut huomaamattomasti riippuvaisia mikrobilääkkeistä. Vaikka penisilliinin ja johdannaisten tuotanto oli vielä toisen maailmansodan alkaessa vain sotakäyttöön varattu salainen tekniikka, niitä alettiin käyttää eläintuotannon tehostamiseen jo niinkin aikaisin kuin 1943. 38 Syy tähän lienee se, että maatalouden tehostaminen ja kehittäminen koettiin tärkeäksi tavoitteeksi jälleenrakentamisen aikaan, erityisesti kylmään sotaan liittyvässä kilpailutilanteessa. Pian huomattiin, että lievät antimikrobiset lääkkeet myös lisäävät tuotantoeläinten kasvua, sen lisäksi että ne vähentävät hoidon tarvetta ja ennaltaehkäisevät sairauksia tuotantoeläimissä. 39 Niistä tuli myös merkittävä poliittinen työkalu, kun Yhdysvaltojen ulkopolitiikkaan liitettiin kolmannen maailman maiden kehittämiseen tähtääviä ohjelmia. Teollistumisen myötä ruokavalio siirtyi antibiootteja hyödyntäen lihapainotteiseksi myös kommunistisissa maissa.

Huoli antimikrobisten lääkeaineiden käytöstä ruoantuotannossa alkoi esiintyä lähinnä vauraimmissa teollisuusmaissa useamman eri riskinarratiivin ja ajattelutavan yhteydessä. Ensimmäinen näistä oli yhä huoli kemiallisista, eli epäluonnollisiksi mielletyistä ainesosista luonnollisten elintarvikkeiden tuotannossa. 40 Yhdysvalloissa maidon huomattiin sisältävän antibioottijäämiä, ja syntyi huoli niiden pitkäaikaisista terveyshaitoista, jonka seurauksena FDA (U.S. Food and Drug Administration) otti käytäntöön jäämien seurantaohjelman vuonna 1960. 41 Samaan aikaan myöskin Saksassa syntyi keskustelua antibioottijäämistä kemikaaleina (Chemie) ja siten epäluonnollisina jääminä ruoassa. 42 Lääkeyhtiö Pfizer – maatalousantibioottien suuri tuottaja näihin aikoihin – julkaisi lausunnon, jonka mukaan antibiootit eivät ole kemiallisia vaan luonnollisia, koska ne eristetään homeista, jotka ovat kuitenkin luonnontuotteita. Lääkeyhtiön julkitulolla ei kuitenkaan ollut suurta vaikutusta yleiseen mielipiteeseen. 43

Myöhemmin, alkaen 1980-luvulta eteenpäin, monissa paikoin alkoi ilmetä myös keskustelua vastustuskyvyn eli resistenssin lisääntymisestä. Vaikeahoitoisista penisilliiniresistenteistä infektioista lapsissa uutisoitiin 90-luvulla Ruotsissa. Aiheesta noussut julkinen keskustelu johti pian viralliseen resistenssin vähentämisstrategiaan. 44 Resistenssin muodostumisen riski oli ollut tiedossa jo pitkään; penisilliinin löytänyt tutkija, Arthur Fleming, varoitti asiasta Nobel-luennollaan jo vuonna 1945. 45 Nykyään resistenssin tiedetään ilmaantuvan ympäristöön melko pian uuden lääkkeen käyttöönoton jälkeen, yleensä muutamassa vuodessa. 46 Aluksi resistentit mikrobit pysyivät kuitenkin lähinnä niillä alueilla, jossa lääkkeitä käytettiin paljon, eli sairaaloissa. Mutta lopulta niitä alkoi esiintyä myöskin sairaaloiden ulkopuolella ja pian lähes joka paikassa, esimerkiksi vesistöissä ja vastasyntyneissä lapsissa. 47 Lisäksi toisen maailmansodan jälkeen uusien antibioottien löytyminen oli tyrehtynyt ja aiheuttanut pelkoja häviöstä taistelussa ”bakteereja vastaan”. Tämä huoli on edelleen ajankohtainen; vastikään julkaistu raportti ennustaa jopa 10 miljoonan ihmisen menehtyvän vuosittain resistentteihin mikrobi-infektioihin vuoteen 2050 mennessä. 48 Resistentit sekundääri-infektiot voivat myös pahentaa hoitotuloksia muissa sairauksissa, ja on ehdotettu, että Italian suuret resistenssiluvut voisivat myös selittää suuremmat tehohoidon ja kuolintapausten määrät nyt COVID-19 pandemian yhteydessä. 49

Erityisesti eläinperäisten ruoka-aineiden tuottamisessa on yhä kasvavassa määrin käytetty antibiootteja tautien ennaltaehkäisemiseksi ja hoitamiseksi, kasvun nopeuttamiseen ja myöskin käsityönä tehdyn eläinten hoidon korvaamiseksi. Tänä päivänä noin 73 % koko maailman antibioottituotannosta kulutetaan ruoantuotantoon, 50 eikä poliittisista toimenpiteistä huolimatta kasvu näytä hidastuneen. Päinvastoin, globaalilla tasolla maatalousantibioottien käytön ennustetaan kasvavan 69 % prosenttia vuosien 2010–2030 välillä, 51 siitäkin huolimatta, että monet vauraat teollisuusmaat ovat ottaneet mikrobiresistenssin torjumisen osaksi virallisia ohjelmia. Pääosin ongelma johtuu siitä, että niin sanottujen vähemmän kehittyneidenkin maiden asukkaat haluavat nauttia runsaslihaisesta ruokavaliosta ja heillä on nyt siihen varaa. Resistenssi ja maatalousantibioottien käytön ongelmat liittyvät näin ollen kiinteästi globalisaatioon. Huomion arvoista on myös, että vaikka joissain vauraimmissa maissa on asetettu rajoituksia antibioottien vapaaseen käyttöön maataloudessa, kuten vaikkapa kasvun edistäjinä, niin näissäkin paikoissa antibiootteja joudutaan toki käyttämään laajalti automatisoituun hoitamiseen ja epidemioiden ennaltaehkäisemiseksi.

Hyvien mikrobien ja mikrobiomien aikakausi

Nähdäkseni on vielä kolmas suuri muutos asenteissa mikrobeja kohtaan ja se alkoi noin kymmenen vuotta sitten, kun huomattiin mikrobien hoitavan monia tärkeitä, keskeisiä terveyttä edistäviä tai ylläpitäviä rooleja. Toki oli tiedetty jo noin sata vuotta, että mikrobit sulattavat ruokaa suolistossa ja kasvavat terveellä iholla. Uudet tehokkaat sekvensointitekniikat avasivat mahdollisuuden tarkastella jonkin näytteen mikrobilajeja ja niiden keskinäisiä suhteita. 52 Sen jälkeen tutkimus niin sanottujen mikrobiomien parissa on kasvanut räjähdysmäisesti. 53 Mikrobiomit ovat kokoelmia eri lajien pieneliöistä, jotka elävät esimerkiksi ihmisen elimissä ja vaikuttavat niiden normaaliin toimintaan, vaikkapa ruoansulatukseen suolistossa. 54 Erilaisiin mikrobiomin poikkeaviin tiloihin on kyetty yhdistämään sairauksia ja muita epäterveellisiä tiloja. Yllättäen näyttää siltä, että mikrobiomeihin yhdistetyistä sairauksista valtaosa liittyy niin sanottuihin elintapasairauksiin ja muihin tyypillisesti vauraissa teollisuusmaissa ilmeneviin terveysongelmiin. Suoliston mikrobiomilla näyttäisi olevan yhteyksiä astmaan ja allergioihin ja tyypin 2 diabetekseen, 55 mahdollisesti myöskin mielialasairauksiin 56 ja suolistosyöpiin 57 . Normaalissa suolistossa ne toteuttavat aineenvaihduntaa, eli tuottavat myös elimistölle välttämättömiä ravintoaineita ja suojelevat sairautta aiheuttavilta muilta mikrobeilta. Nyt mikrobiomeja pidetään yksilöllisinä ja niitä halutaan säädellä hienovaraisesti, ja laajakirjoisten, kaiken tappavien antibioottien käyttöä pidetään ongelmallisena.

Tutkimukset ovat myöskin pystyneet osoittamaan mitattavia muutoksia monien mikrobiomien koostumuksissa teollistumisen jälkeen (esimerkiksi hampaissa 58 ja suolistossa 59 ), eikä muutoksien merkityksestä ole vielä täyttä selvyyttä. On kuitenkin todennäköistä, että muutokset johtuvat sellaisista elinolojen muutoksista kuin hygieniatason kohoamisesta, elintarvikkeiden sterilisoimisesta ja antibioottien käytöstä. 60 Tämä uusi näkemys myös tarkoittaa sitä, että teollistumisen alkuaikoina epätoivotuiksi ja vaarallisiksi osoitetut bakteerit ovatkin oleellinen osa ihmistä.

Tämän uuden tiedon myötä on myös kehittynyt jonkinlaisia ruohonjuuritason yhdistyksiä ja terveystuotteita tuottavia yrityksiä, jotka pyörivät hyvänlaatuisten mikrobien viljelyn ympärillä. Monet vaihtoehtoviljelyprojektit korostavat esimerkiksi hyvien mikrobien merkitystä terveellisen elämäntavan osana. 61 Osa näistä pyrkii palaamaan historiassa vanhoille ajoille, esimerkiksi takaisin leipäjuurien käyttöön, koska niissä ennen epäpuhtaana pidettyjä bakteerikasvustoja pidetään nyt tärkeinä yksilöllisen terveyden välineinä. 62 Tämä kenties viittaa siihen, että käsitys bakteereista on muuttumassa positiivisemmaksi myös laajemmin yleisessä diskurssissa eikä vain asiantuntijoiden mielestä.

Samalla näyttää siltä, että monissa paikoin on käsitetty teollistumisen tehotekniikoiden olevan kytköksissä resistenssin ja mikrobiomien muutoksien kaltaisiin lieveilmiöihin ja että antimikrobiset kemialliset yhdisteet voivat olla rajallinen luonnonvara, jota pitäisi käyttää harkiten. Alati tehokkaammasta tutkimuksesta huolimatta täysin uusilla tavoilla toimivia antibiootteja ei ole löytynyt sitten 1970-luvun. 63 On tietysti mahdollista, että jossain vaiheessa se osa luonnon tuottamista antibiooteista, jotka ovat ylipäätään löydettävissä ja teollistettavissa on jo käytetty. Tätä ongelmaa syventää merkittävästi se seikka, että uusien antibioottien tuottaminen ei ole enää taloudellisesti kannattavaa. 64 Tilanne on siirtynyt 2000-luvulla siihen, ettei nykyisissä taloudellisissa viitekehyksissä ole kaupallisesti järkevää kehittää antibiootteja. Tähän on monia syitä, muun muassa kustannuksien nouseminen alati lisääntyvien uusien säädösten seurauksena ja se, että infektiosairauksien hoito on tärkeämpää vähemmän varakkaille väestöille. Tämä on suuri muutos, kun ajattelee että vain sata vuotta aiemmin antibioottien kehittäminen oli suurin lääkeyhtiöitä eteenpäin vievä taloudellinen voima. Tulevaisuudessa saattaa odottaa post-antibioottiseksi aikakaudeksi kutsuttu aika, jolloin nykyiset hoidot eivät enää toimi. 65

Yhteenveto

Kolme erilaista murrosta mikrobeihin suhtautumisessa on tapahtunut teollistumisen lyhyen, noin 150 vuoden aikana. Nähdäkseni nämä murrokset seuraavat fossiilienergian käyttöönoton kaarta melko samansuuntaisesti, eikä tämä ole sattuma, sillä modernisaatio riippuu voimakkaasti energian kulutuksesta. Mikrobeihin suhtautumisen ensimmäinen murros tapahtuu 1800-luvun puolivälistä eteenpäin, kun aletaan ymmärtää, miten mikrobit pilaavat elintarvikkeita ja aiheuttavat sairauksia. Vähän ajan päästä, 1870-luvulla, aletaan tutkia tieteellisin keinoin, miten näitä ongelmia voisi estää, ja samalla syntyy moderni lääketeollisuus sekä hygieniaoppi. Tällöin mikrobeihin aletaan suhtautua yhä enemmän tuholaisina, jotka oli hävitettävä, eikä hävittämisen mahdollisia haittoja ymmärretty tai pidetty tärkeinä. Kuitenkin jo ensimmäiset bakteerien hillintään liittyvät menetelmät herättävät pelkoa keinotekoisten ja epäluonnollisten vierasaineiden haitoista.

Toinen aikakausi, antibioottien kultakausi, alkaa tehokkaiden laajakirjoisten antibioottien kehittämisestä. Tällöin antibiootteja etsittiin muista kilpailevista mikrobeista ja pienet viljelytekniikat muokattiin massatuotantomuotoon. Lääkkeistä tuli niin edullisia, että niitä alettiin käyttää ilman suurempia rajoituksia muun muassa maatalouden tehostamiseen. Suurin piirtein samaan aikaan, kun kultakausi loppui ja lääkekehitys tyrehtyi, alkoi myös kasvava huoli antibioottien liikakäytön seurauksista. Kun kulkutaudeista ja vitsauksista oli päästy eroon, alettiin mikrobien liian innokkaassa hävittämisessä nyt nähdä haittoja ja riskejä; lähinnä epäpuhtauksina elintarvikkeissa, mutta myöskin syntyvän resistenssin takia.

Viimeisimpänä kehityksenä on siirrytty näkemään mikrobien positiivisiakin puolia. On ymmärretty, että laajakirjoiset antibioottihoidot infektioiden yhteydessä aiheuttavat haittoja tappaessaan myös terveyttä ylläpitäviä eliöitä. Lisäksi ihan viime vuosina on alettu yhä enemmän ajattelemaan, että mikrobien hävittäminen voi jopa aiheuttaa sairautta ja ”epänormaaleja” tiloja kuten teollisuusmaille tyypillisiä elintapasairauksia, sillä mikrobit ovat keskeinen osa ihmisen ja muiden eläinten normaalia elinpiiriä. Ensimmäistä kertaa ihmisten keskuudessa leviää laaja ymmärrys siitä, että mikrobit ovat erottamaton osa niin ihmiskunnan, eläinten kuin ympäristönkin toimintaa.


Kirjallisuus

Adler, Christina J. & Dobney, Keith & Weyrich, Laura S. & Kaidonis, John & Walker, Alan W. & Haak, Wolfgang & Bradshaw, Corey J. A. et al. 2013. ”Sequencing Ancient Calcified Dental Plaque Shows Changes in Oral Microbiota with Dietary Shifts of the Neolithic and Industrial Revolutions.” Nature Genetics 45, no: 4, 450–55. https://doi.org/10.1038/ng.2536.

Alanis, Alfonso J. 2005. ”Resistance to Antibiotics: Are We in the Post-Antibiotic Era?” Archives of Medical Research 36, no: 6, 697–705. https://doi.org/10.1016/j.arcmed.2005.06.009.

Atran, Scott & Medin, Douglas L. 2008. The native mind and the cultural construction of nature. Life and mind. MIT Press, Cambridge, Mass.

Ayres, Robert U. & Warr, Benjamin 2010. The Economic Growth Engine: How Energy and Work Drive Material Prosperity. Edward Elgar, Cheltenham.

Bar-On, Yinon M. & Phillips, Rob & Milo, Ron 2018. ”The Biomass Distribution on Earth.” Proceedings of the National Academy of Sciences 115, no: 25, 6506–11. https://doi.org/10.1073/pnas.1711842115.

Breed, Robert S. & Conn, H. J. 1936. ”The Status of the Generic Term Bacterium Ehrenberg 1828.” Journal of Bacteriology 31, no: 5, 517.

Brunkwall, Louise & Orho-Melander, Marju 2017. ”The Gut Microbiome as a Target for Prevention and Treatment of Hyperglycaemia in Type 2 Diabetes: From Current Human Evidence to Future Possibilities.” Diabetologia 60, no: 6, 943–51. https://doi.org/10.1007/s00125-017-4278-3.

Calderon, R. L. 2000. ”The Epidemiology of Chemical Contaminants of Drinking Water.” Food and Chemical Toxicology 38, S13–20. https://doi.org/10.1016/S0278-6915(99)00133-7.

Centers for disease control and prevention 1999. ”Achievements in Public Health, 1900–1999: Control of Infectious Diseases.” Morbidity and Mortality Weekly Report, no: 48.

Chiu, Charles Y. & Miller, Steven A. 2019. ”Clinical Metagenomics.” Nature Reviews Genetics 20, no: 6, 341–55. https://doi.org/10.1038/s41576-019-0113-7.

Comroe, J. H. 1978. ”Pay Dirt: The Story of Streptomycin. Part I. From Waksman to Waksman.” The American Review of Respiratory Disease 117, no: 4, 773–81. https://www.atsjournals.org/doi/abs/10.1164/arrd.1978.117.4.773

Ekdahl, Karl & Hansson, Hans Bertil & Mölstad, Sigvard & Sóderström, Margareta & Walder, Mats & Persson, Kristina 1998. ”Limiting the Spread of Penicillin-Resistant Streptococcus Pneumoniae: Experiences from the South Swedish Pneumococcal Intervention Project.” Microbial Drug Resistance 4, no: 2, 99–105. https://doi.org/10.1089/mdr.1998.4.99.

Ellis, Erle C. & Klein Goldewijk, Kees & Siebert, Stefan & Lightman, Deborah & Ramankutty, Navin 2010. ”Anthropogenic Transformation of the Biomes, 1700 to 2000: Anthropogenic Transformation of the Biomes.” Global Ecology and Biogeography 19, no: 5, 589–606. https://doi.org/10.1111/j.1466-8238.2010.00540.x.

Fleming, Arthur 1945. ”Penicillin”. Nobel lecture, 1945. https://www.nobelprize.org/prizes/medicine/1945/fleming/lecture/.

Gillings, Michael R. & Paulsen, Ian T. 2014. ”Microbiology of the Anthropocene.” Anthropocene 5, 1–8. https://doi.org/10.1016/j.ancene.2014.06.004.

Guthrie, Stewart E. 1995. Faces in the Clouds: A New Theory of Religion. 1. issued as an Oxford Univ. Press paperback. Oxford University Press, New York.

Hager, Thomas 2006. The Demon under the Microscope: From Battlefield Hospitals to Nazi Labs, One Doctor’s Heroic Search for the World’s First Miracle Drug. Harmony Books, New York. http://search.ebscohost.com/login.aspx?direct=true&scope=site&db=nlebk&db=nlabk&AN=723287.

Heidegger, Martin 2002. Silleen jättäminen. Eurooppalaisen filosofian Seura, Tampere.

Kardos, Nelson & Demain, Arnold L. 2011. ”Penicillin: The Medicine with the Greatest Impact on Therapeutic Outcomes.” Applied Microbiology and Biotechnology 92, no: 4, 677–87. https://doi.org/10.1007/s00253-011-3587-6.

Kirchhelle, Claas 2018. ”Pharming Animals: A Global History of Antibiotics in Food Production (1935–2017).” Palgrave Communications 4, no: 1, 96. https://doi.org/10.1057/s41599-018-0152-2.

Kirchhelle, Claas 2016. ”Toxic Confusion: The Dilemma of Antibiotic Regulation in West German Food Production (1951–1990).” Endeavour 40, no: 2, 114–27. https://doi.org/10.1016/j.endeavour.2016.03.005.

Lesch, John E. 2007. The first miracle drugs: how the sulfa drugs transformed medicine. Oxford University Press, Oxford, New York.

Livermore, D. M., on behalf of the British Society for Antimicrobial Chemotherapy Working Party on The Urgent Need: Regenerating Antibacterial Drug Discovery and Development, Blaser, M. & Carrs, O. & Cassell, G. & Fishman, N. & Guidos, R. et al. 2011. ”Discovery Research: The Scientific Challenge of Finding New Antibiotics.” Journal of Antimicrobial Chemotherapy 66, no: 9, 1941–44. https://doi.org/10.1093/jac/dkr262.

Magner, Lois N. & Kim, Oliver J. 2018. A History of Medicine. CRC Press, Boca Raton. http://search.ebscohost.com/login.aspx?direct=true&scope=site&db=nlebk&db=nlabk&AN=1797615.

McGuire, Michael J. 2006. ”Eight Revolutions in the History of US Drinking Water Disinfection.” Journal – American Water Works Association 98, no: 3, 123–49. https://doi.org/10.1002/j.1551-8833.2006.tb07612.x.

Morris, R. J. 1975. ”Religion and Medicine: The Cholera Pamphlets of Oxford, 1832, 1849 and 1854.” Medical History 19, no: 3, 256–70. https://doi.org/10.1017/s0025727300020275.

NIH Human Microbiome Portfolio Analysis Team 2019. ”A Review of 10 Years of Human Microbiome Research Activities at the US National Institutes of Health, Fiscal Years 2007–2016.” Microbiome 7, no: 1, 31. https://doi.org/10.1186/s40168-019-0620-y.

Nutton, V. 1983. ”The Seeds of Disease: An Explanation of Contagion and Infection from the Greeks to the Renaissance.” Medical History 27, no: 1, 1–34. https://doi.org/10.1017/s0025727300042241.

O’Neill, J. 2014. ”Antimicrobial Resistance: Tackling a Crisis for the Future Health and Wealth of Nations.” http://www.jpiamr.eu/wp-content/uploads/2014/12/AMR-Review-Paper-Tackling-a-crisis-for-the-health-and-wealth-of-nations_1-2.pdf.

Pead, Patrick J. 2003. ”Benjamin Jesty: New Light in the Dawn of Vaccination”. The Lancet 362, no: 9401, 2104–9. https://doi.org/10.1016/S0140-6736(03)15111-2.

Perkin, W. H. 1896. ”The Origin of the Coal-Tar Colour Industry, and the Contributions of Hofmann and His Pupils.” Journal of the Chemical Society, Transactions 69, 596. https://doi.org/10.1039/ct8966900596.

Piddock, Laura J. V. 2012 ”The Crisis of No New Antibiotics--What Is the Way Forward?” The Lancet. Infectious Diseases 12, no: 3, 249–53. https://doi.org/10.1016/S1473-3099(11)70316-4.

Puig de la Bellacasa, Maria 2015. ”Making Time for Soil: Technoscientific Futurity and the Pace of Care.” Social Studies of Science 45, no: 5, 691–716. https://doi.org/10.1177/0306312715599851.

Quinn, Roswell 2013. ”Rethinking Antibiotic Research and Development: World War II and the Penicillin Collaborative.” American Journal of Public Health 103, no: 3, 426–34. https://doi.org/10.2105/AJPH.2012.300693.

Ramberg, Peter J. 2000. ”The Death of Vitalism and The Birth of Organic Chemistry: Wohler’s Urea Synthesis and the Disciplinary Identity of Organic Chemistry.” Ambix 47, no: 3, 170–95. https://doi.org/10.1179/amb.2000.47.3.170.

Salminen, Antti & Vadén, Tere 2015. Energy and Experience: An Essay on Naftology. MCM, Chicago.

Sariola, Salla & Rest, Matthäus 2019. ”Attuning Entanglements: Notes on a Fermentation Workshop.” Musings, 52–57. Food Feminist Fermentation, Montreal.

Schummer, Joachim 2003. ”The Notion of Nature in Chemistry.” Studies in History and Philosophy of Science Part A 34, no: 4, 705–36. https://doi.org/10.1016/S0039-3681(03)00050-5.

Singer, Andrew C. & Kirchhelle, Claas & Roberts, Adam 2020. ”Antibiotic Resistance Could Lead to More COVID-19 Deaths.” Scientific American Blog Network, 1.4.2020. https://blogs.scientificamerican.com/observations/antibiotic-resistance-could-lead-to-more-covid-19-deaths/. [Viitattu 9.4.2020]

Sipinen, Josefina 2016. ”Terveys on kallein aarteesi – Ihannekansalainen 1930-luvun suomalaisessa terveysvalistuksessa.” Hybris, no: 3.

Smith-Howard, Kendra 2010. ”Antibiotics and Agricultural Change: Purifying Milk and Protecting Health in the Postwar Era.” Agricultural History 84, no: 3, 327–51. https://doi.org/10.3098/ah.2010.84.3.327.

Sonnenburg, Erica D. & Sonnenburg, Justin L. 2019A. ”The Ancestral and Industrialized Gut Microbiota and Implications for Human Health.” Nature Reviews Microbiology 17, no: 6, 383–90. https://doi.org/10.1038/s41579-019-0191-8.

Sonnenburg, Justin L. & Sonnenburg, Erica D. 2019B. ”Vulnerability of the Industrialized Microbiota.” Science 366, no: 6464, eaaw9255. https://doi.org/10.1126/science.aaw9255.

Taylor, Valerie H. 2019. ”The Microbiome and Mental Health: Hope or Hype?” Journal of Psychiatry & Neuroscience: JPN 44, no: 4, 219–22. https://doi.org/10.1503/jpn.190110.

Tognotti, Eugenia 2013. ”Lessons from the History of Quarantine, from Plague to Influenza A.” Emerging Infectious Diseases 19, no: 2, 254–59. https://doi.org/10.3201/eid1902.120312.

Van Boeckel, Thomas P. & Brower, Charles & Gilbert, Marius & Grenfell, Bryan T. & Levin, Simon A. & Robinson, Timothy P. & Teillant, Aude & Laxminarayan, Ramanan 2015. ”Global Trends in Antimicrobial Use in Food Animals.” Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 112, no: 18, 5649–54. https://doi.org/10.1073/pnas.1503141112.

Van Boeckel, Thomas P. & Pires, João & Silvester, Reshma & Zhao, Cheng & Song, Julia & Criscuolo, Nicola G. & Gilbert, Marius & Bonhoeffer, Sebastian & Laxminarayan, Ramanan 2019. ”Global Trends in Antimicrobial Resistance in Animals in Low- and Middle-Income Countries.” Science 365, no: 6459, eaaw1944. https://doi.org/10.1126/science.aaw1944.

Ventola, C. Lee 2015. ”The Antibiotic Resistance Crisis: Part 1: Causes and Threats.” P & T: A Peer-Reviewed Journal for Formulary Management 40, no: 4, 277–83.

Wainwright, Mark 2008. ”Dyes in the Development of Drugs and Pharmaceuticals.” Dyes and Pigments 76, no: 3, 582–89. https://doi.org/10.1016/j.dyepig.2007.01.015.

Wainwright, Mark 2009. Photosensitisers in Biomedicine. Chichester: John Wiley & Sons. http://www.123library.org/book_details/?id=14715.

Waters, C. N. & Zalasiewicz, J. & Summerhayes, C. & Barnosky, A. D. & Poirier, C. & Ga uszka, A. & Cearreta, A. et al. 2016. ”The Anthropocene Is Functionally and Stratigraphically Distinct from the Holocene.” Science 351, nro 6269, aad2622–aad2622. https://doi.org/10.1126/science.aad2622.

Wolff, Phillip & Medin, Douglas L. & Pankratz, Connie 1999. ”Evolution and Devolution of Folkbiological Knowledge.” Cognition 73, no: 2, 177–204. https://doi.org/10.1016/S0010-0277(99)00051-7.

Zhang, Lu & Kinkelaar, Daniel & Huang, Ying & Li, Yingli & Li, Xiaojing & Wang, Hua H. 2011. ”Acquired Antibiotic Resistance: Are We Born with It?” Applied and Environmental Microbiology 77, no: 20, 7134–41. https://doi.org/10.1128/AEM.05087-11.

Zitvogel, Laurence & Galluzzi, Lorenzo & Viaud, Sophie & Vétizou, Marie & Daillère, Romain & Merad, Miriam & Kroemer, Guido 2015. ”Cancer and the Gut Microbiota: An Unexpected Link.” Science Translational Medicine 7, no: 271, 271ps1. https://doi.org/10.1126/scitranslmed.3010473.

Xaviera, Torres Joerges 2006. Importancia de la viruela, gastroenteritis aguda y paludismo en Finlandia entre 1749 y 1850. Väitöskirja, Oulun yliopisto. http://urn.fi/urn:isbn:9514279417.

Takaisin lehden sisällysluetteloon

 
  1. Bar-On, Phillips & Milo 2018, 6508.
  2. Ellis et al. 2010, 589–606.
  3. Waters et al. 2016.
  4. Salminen & Vadén 2015, 24–25.
  5. Heidegger 2002, 21.
  6. Wolff, Medin & Pankratz 1999, 177–204; Atran & Medin 2008.
  7. Gillings & Paulsen 2014, 5.
  8. Guthrie 1995, 89.
  9. Nutton 1983, 1–34.
  10. Pead 2003, 2105–8.
  11. Breed & Conn 1936, 517.
  12. Agar-agar on punalevistä eristetty puolikiinteä polysakkaridiseos, johon voidaan sekoittaa erilaisia elatusaineita, ja näin kasvattaa viljelmiä monista mikrobeista. Ennen sen tieteellistä käyttöä sitä käytettiin elintarvikkeissa, mm. hillojen tai marmeladien valmistuksessa.
  13. Ayres & Warr 2010, 98.
  14. Ramberg 2000.
  15. Alkemia on esitieteellinen luonnonfilosofia, jossa usein pyrittiin eristämään luonnontuotteista ainesosia ja luomaan esimerkiksi parantavia seoksia.
  16. Schummer 2003, 706.
  17. Perkin 1896, 598.
  18. Ramberg 2000, 170–95.
  19. Usein historian kirjoissa mainitaan englantilaisen kemistin Henry Perkinin vahingossa kehittämä purppura väri, joka oli niin harvinainen luonnossa, että monissa paikoin sitä ei ollut saatavilla. Perkin yritti luoda synteettisesti kiniiniä, luonnontuotetta, jota eristettiin Cinchona-suvun kasveista ja käytettiin malarian hoitoon.
  20. Wainwright 2009, 63.
  21. Kyseessä oli punaisen värinen sulfanamidi, joka toimii valemetaboliittina, eli häiritsee bakteerin elintärkeitä metaboliareittejä ja sitä kautta estää niiden kasvua. Lesch 2007, 51, 259–262.
  22. Hager 2006, 173.
  23. Wainwright 2008, 584.
  24. Centers for disease control and prevention 1999, 1–19.
  25. Xaviera 2006, 210.
  26. Tognotti 2013, 256.
  27. Sipinen 2016; Morris 1975; Tognotti 2013.
  28. Tognotti 2013.
  29. Morris 1975.
  30. Magner & Kim 2018, 137.
  31. Calderon 2000; McGuire 2006, 129–31.
  32. Nykyään sanalla antibiootti tarkoitetaan lähinnä joko bakteereja tappavia tai niiden kasvua hillitseviä yhdisteitä. Etymologisesti hieman omituisen sanan on alun perin ottanut käyttöön Selman Waksman.
  33. Esimerkiksi eräs opiskelija, Ernest Duchesne, tutki Penicillium-homeiden bakteereja estävää vaikutusta ja sanoo väitöskirjassaan kuulleensa tästä ”arabien” hevoshoitajien kansanlääkinnästä.
  34. Quinn 2013, 427.
  35. Comroe 1978, 773–74.
  36. Quinn 2013, 427.
  37. Kardos & Demain 2011, 677–86.
  38. Kirchhelle 2018, 3.
  39. Kirchhelle 2018, 3–9.
  40. Calderon 2000, 332.
  41. Smith-Howard 2010, S14.
  42. Kirchhelle 2018, 5.
  43. Kirchhelle 2016, 116.
  44. Ekdahl et al. 1998, 99–100.
  45. Fleming 1945.
  46. Ventola 2015, 277.
  47. Zhang et al. 2011, 7139–41.
  48. O’Neill 2014.
  49. Singer, Kirchhelle & Roberts 2020.
  50. Van Boeckel et al. 2019, 1.
  51. Van Boeckel et al. 2015, 5649–5654.
  52. Chiu & Miller 2019, 341–43.
  53. NIH Human Microbiome Portfolio Analysis Team 2019, 1–19.
  54. Termiä tosin käytetään vähän eri yhteyksissä eri tavoin, eli toisinaan se saattaa viitata johonkin teoreettisesti olemassa olevaan kokonaisuuteen (koko eliön mikrobit) mutta useammin niihin kokonaisuuksiin, jotka ovat näytteissä ja joita voi sekvensoida (esim. suoliston, ihon, hampaiden, lehtien, hyönteisen siipien jne. mikrobiomi).
  55. Brunkwall & Orho-Melander 2017, 943–51.
  56. Taylor 2019, 220–22.
  57. Zitvogel et al. 2015, 1–9.
  58. Adler et al. 2013, 450–55.
  59. Sonnenburg & Sonnenburg 2019A, 383–85.
  60. Sonnenburg & Sonnenburg 2019B, 1–8.
  61. Puig de la Bellacasa 2015, 702–10.
  62. Sariola & Rest 2019.
  63. Livermore et al. 2011, 1941.
  64. Piddock 2012.
  65. Alanis 2005, 697–705.